DifferentialRegulation

DOI:10.18129 / B9.bioc.DifferentialRegulation

来自scRNA-seq数据的差异调节基因

Bioconductor版本:发行版(3.15)

差异调控是一种通过从单细胞rna测序(scRNA-seq)数据中获得的拼接和未拼接mRNA丰度平衡的差异，检测两组样本(如健康vs.疾病，或治疗vs.未治疗样本)之间差异调节基因的方法。差分调节解释了样本对样本的可变性，并在贝叶斯层次模型中嵌入了多个样本。特别是，当读与多个基因或一个基因的多个拼接版本兼容时(未拼接的拼接的或不明确的)，该方法将这些多映射读分配给原始基因及其拼接版本。通过马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)技术(metropolis - in- gibbs)推断参数。

作者:Simone Tiberi [aut, cre]

维护者:Simone Tiberi < Simone。在uzh.ch tiberi >

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如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" differalregulation ")

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超文本标记语言	R脚本	DifferentialRegulation
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细节

biocViews	贝叶斯，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，GeneTarget，遗传学，MultipleComparison，RNASeq，测序，SingleCell，软件，StatisticalMethod，转录，可视化
版本	1.0.7
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	方法,Rcpp，doRNG，质量，data.table，doParallel平行,foreach统计数据,强盗，矩阵，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，ggplot2
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation
BugReports	https://github.com/SimoneTiberi/DifferentialRegulation/issues
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包档案

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源包	DifferentialRegulation_1.0.7.tar.gz
Windows二进制	DifferentialRegulation_1.0.7.zip
macOS二进制(x86_64)	DifferentialRegulation_1.0.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DifferentialRegulation
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DifferentialRegulation
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DifferentialRegulation/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档