恐龙

DOI:10.18129 / B9.bioc.Dino

单细胞mRNA测序数据归一化

Bioconductor版本:Release (3.16)

Dino将单细胞mRNA测序数据标准化，以纠正技术差异，特别是测序深度，在下游分析之前。该方法产生了一个校正表达式矩阵，其中排序深度与归一化表达式的完全分布之间的依赖关系;许多现有的方法旨在消除排序深度与归一化表达式均值之间的依赖关系。这在高度稀疏数据集的背景下特别有用，例如由10X基因组学和其他基于独特分子标识符(UMI)的微流体协议产生的数据集，对于这些数据集，原始表达数据中与深度相关的零比例可能会提出挑战。

作者:贾里德·布朗(Jared Brown)，克里斯蒂娜·肯齐奥尔斯基[中文]

维护者:Jared Brown < brownjat ds.dfci.harvard.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Dino")

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文档

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browseVignettes(“恐龙”)

超文本标记语言	R脚本	高通量单细胞rna测序数据的分布重采样归一化
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文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，GeneExpression，归一化，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor中	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	BiocParallel，BiocSingular，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，S4Vectors，矩阵，修拉，matrixStats平行,食物、grDevices、stats、methods
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr，rmarkdown，BiocStyle，devtools，ggplot2，gridExtra，ggpubr、网格魔法，hexbin
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/JBrownBiostat/Dino
BugReports	https://github.com/JBrownBiostat/Dino/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	Dino_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	Dino_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Dino_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Dino_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Dino
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/Dino
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Dino/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Dino/
软件包下载报告	下载数据