EWCE

DOI:10.18129 / B9.bioc.EWCE

此包适用于Bioconductor的3.16版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见EWCE．

表达加权细胞型富集

Bioconductor版本:发行版(3.16)

用于确定基因列表中富集的细胞类型。该工具包提供了测试简单基因列表(如人类疾病相关基因)和差异表达研究结果中富集基因的工具。该包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集，用户定义的数据集可以加载并用于分析。

作者:Alan Murphy，布莱恩·席尔德[au]，内森·斯基恩[au]

维护:Alan Murphy

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("EWCE")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“EWCE”)

超文本标记语言	R脚本	扩展的例子
超文本标记语言	R脚本	开始
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文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，遗传学，微阵列，OneChannel，蛋白质组学，RNASeq，SingleCell，软件，转录，可视化，mRNAMicroarray
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)，RNOmni(> = 1.0)
进口	Stats, utils，方法，ewceData，dplyr，ggplot2，reshape2，limma，stringr，HGNChelper，矩阵平行,SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，DelayedArray，BiocParallel，orthogene(> = 0.99.8),data.table
链接
建议	遥控器，knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),readxl，memoise，减价，sctransform，DESeq2，桅杆，DelayedMatrixStats，cowplot，ggdendro， grDevices，网格，gridExtra，尺度，魔法，獾
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/NathanSkene/EWCE
BugReports	https://github.com/NathanSkene/EWCE/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	EWCE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	EWCE_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	EWCE_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	EWCE_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/EWCE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EWCE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/EWCE/
软件包下载报告	下载数据