EnhancedVolcano

DOI:10.18129 / B9.bioc.EnhancedVolcano

准备出版的火山图，增强了颜色和标签

Bioconductor版本:发行版(3.16)

火山图是差分表达式分析结果可视化的有用方法。在这里，我们提供了一个高度可配置的函数，它可以生成可供发布的火山图。EnhancedVolcano将尝试在plot窗口中植入尽可能多的点标签，从而避免因无法读取的标签而“堵塞”plot。其他功能允许用户通过颜色、形状、大小和阴影参数配置在相同的绘图空间中识别多达4种不同类型的属性。

作者:Kevin Blighe [aut, cre]， Sharmila Rana [aut]， Emir Turkes [ctb]， Benjamin Ostendorf [ctb]， Andrea Grioni [ctb]， Myles Lewis [aut]

维护者:Kevin Blighe < Kevin at clinicalbioinformatics.co.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EnhancedVolcano”)

超文本标记语言	R脚本	准备出版的火山图，增强了颜色和标签
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件，转录
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	ggplot2，ggrepel
进口	方法
链接
建议	ggalt，ggrastr，RUnit，BiocGenerics，knitr，DESeq2，pasilla，气道，org.Hs.eg.db，gridExtra，magrittr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	EnhancedVolcano_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	EnhancedVolcano_1.16.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	EnhancedVolcano_1.16.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	EnhancedVolcano_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnhancedVolcano
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EnhancedVolcano
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EnhancedVolcano/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/EnhancedVolcano/
软件包下载报告	下载数据