EnrichmentBrowser

DOI:10.18129 / B9.bioc.EnrichmentBrowser

无缝导航结合基于集合的结果和基于网络的富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

EnrichmentBrowser包实现基本功能富集分析基因表达数据。分析结合了基于集合的优势和基于网络的基因集富集分析以获得高信任度和生物学通路中不同监管表达数据在调查之中。除此之外,包方便的可视化和探索集和途径。

作者:路德维希Geistlinger (aut (cre) Gergely Csaba (aut),马拉Santarelli[所有],Mirko Signorelli[所有],马塞尔•拉莫斯(施),李维沃尔德伦(施),拉尔夫·齐默(aut)

维护人员:路德维希Geistlinger < Ludwig_Geistlinger hms.harvard.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EnrichmentBrowser”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EnrichmentBrowser”)

PDF	R脚本	EnrichmentBrowser手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,微阵列,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,ReportWriting,软件,可视化
版本	2.30.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperiment,图
进口	AnnotationDbi,BiocFileCacheBiocManager,GSEABase,GO.db,KEGGREST,KEGGgraph,Rgraphviz,S4Vectors,SPIA,刨边机,石墨hwriter,limma、方法、pathview,安全
链接
建议	所有,BiocStyle,ComplexHeatmap,DESeq2,ReportingTools,气道,biocGraph,hgu95av2.db,geneplotter,msigdbr knitr rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/lgeistlinger/EnrichmentBrowser/issues
取决于我
进口我	GSEABenchmarkeR,天顶
建议我	GenomicSuperSignature
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	EnrichmentBrowser_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	EnrichmentBrowser_2.30.0.zip
macOS二进制(x86_64)	EnrichmentBrowser_2.30.0.tgz
macOS二进制(arm64)	EnrichmentBrowser_2.29.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EnrichmentBrowser
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EnrichmentBrowser
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EnrichmentBrowser/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/EnrichmentBrowser/
包下载报告	下载数据