《创世纪》

DOI:10.18129 / B9.bioc.GENESIS

结构化样本中的遗传估计和推断(GENESIS):分析来自具有群体结构和/或亲缘关系的样本的遗传数据的统计方法

Bioconductor版本:发行版(3.15)

GENESIS软件包为遗传分析中的种群和谱系结构的估计、推断和核算提供了方法。当前实现提供了执行PC-AiR (Conomos等人，2015年，Gen Epi)和PC-Relate (Conomos等人，2016年，AJHG)的功能。PC-AiR对全基因组SNP数据进行主成分分析，以检测样本中可能包含已知或隐藏的亲缘关系的种群结构。与标准PCA不同，PC-AiR考虑了样本中的相关性，以提供不受家族结构干扰的准确祖先推断。PC-Relate使用祖先代表主成分来调整群体结构/祖先，并准确估计近期遗传亲缘关系的度量，如亲属关系系数、IBD共享概率和近交系系数。此外，功能提供执行有效的方差成分估计和混合模型关联检验定量和二元表型。

作者:Matthew P. Conomos, Stephanie M. Gogarten, Lisa Brown, Han Chen, Thomas Lumley, Kenneth Rice, Tamar Sofer, Adrienne Stilp, Timothy Thornton, Yu Chaoyu

维护者:Stephanie M. Gogarten

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GENESIS")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“创世纪”)

超文本标记语言	R脚本	使用GENESIS包分析序列数据
超文本标记语言	R脚本	使用GENESIS包进行遗传关联检测
超文本标记语言	R脚本	使用GENESIS包的种群结构和亲缘性推断
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiocViews，DimensionReduction，GeneticVariability，遗传学，GenomeWideAssociation，PrincipalComponent，质量控制，单核苷酸多态性，软件，StatisticalMethod
版本	2.26.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Biobase，BiocGenerics，BiocParallel，GWASTools，gdsfmt，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SeqArray，SeqVarTools，SNPRelate，data.table、图形、grDevicesigraph，矩阵、方法、reshape2统计,跑龙套
链接
建议	CompQuadForm，COMPoissonReg，poibin，接二连三，调查，testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，GWASdata，dplyr，ggplot2，GGally，RColorBrewer，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/UW-GAC/GENESIS
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GENESIS_2.26.0.tar.gz
Windows二进制	GENESIS_2.26.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	GENESIS_2.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GENESIS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/《创世纪》
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GENESIS/
包下载报告	下载数据