GEOexplorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOexplorer

GEOexplorer:用于基因表达分析和可视化的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

GEOexplorer是一款Shiny应用程序，可以对GEO数据库中保存的微阵列基因表达数据集进行探索性数据分析和差异基因表达分析。输出是交互式图形，使用户能够探索分析的结果。GEOexplorer的开发得益于GEO2R (https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)提供的优秀代码。

作者:Guy Hunt [aut, cre]，拉斐尔·亨金[ctb, ths]，法布里齐奥·斯默拉迪[ctb, ths]，迈克尔·巴恩斯[ctb, ths]

维护人员:Guy Hunt

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GEOexplorer”)

超文本标记语言	R脚本	my-vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，MicroRNAArray，微阵列，软件，mRNAMicroarray
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	闪亮的，limma，Biobase，情节，shinyBS
进口	DT，htmltools，factoextra，的热图，maptools，pheatmap，尺度，shinyHeatmaply，shinybusy，ggplot2，stringr，umap，GEOquery，嫁祸于， grDevices，统计，图形，utils
链接
建议	rmarkdown，knitr，usethis，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/guypwhunt/GEOexplorer/
BugReports	https://github.com/guypwhunt/GEOexplorer/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GEOexplorer_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	GEOexplorer_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GEOexplorer_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GEOexplorer_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOexplorer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GEOexplorer
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GEOexplorer/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GEOexplorer/
软件包下载报告	下载数据