GRaNIE

DOI:10.18129 / B9.bioc.GRaNIE

GRaNIE:利用染色质可及性和RNA-seq数据重建细胞类型特异性基因调控网络，包括增强子

Bioconductor版本:发行版(3.16)

与疾病相关的遗传变异通常影响非编码区域，因此可能具有调节作用。为了了解基因变异在这些调控区域的影响，识别受特定调控元件(REs)调节的基因是至关重要的。基因调控元件(如增强子)的作用通常是细胞类型特异性的，这可能是因为调节给定增强子的转录因子(tf)的组合具有细胞类型特异性活性。这种TF活性可以用现有的工具进行量化，如diffTF，并捕获TF在开放染色质区域结合的差异。总的来说，这形成了一个基因调控网络(GRN)，具有细胞类型和数据特定的TF-RE和re基因链接。在这里，我们使用大量RNAseq和开放染色质(例如，使用ATACseq或ChIPseq用于开放染色质标记)和可选的TF活性数据重构这样的GRN。我们的网络包含不同类型的链接，将tf连接到调控元件，后者连接到附近或同一染色质结构域(TAD)内的基因。我们使用一个统计框架，以基于排列的方法为所有链接分配经验fdr和权重。

作者:Christian Arnold [cre, aut]， Judith Zaugg [aut]， Rim Moussa [aut]， Armando Reyes-Palomares [ctb]， Giovanni Palla [ctb]， Maksim Kholmatov [ctb]

维护者:Christian Arnold

安装

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细节

biocViews	ATACSeq，BiomedicalInformatics，ChIPSeq，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，遗传学，GraphAndNetwork，NetworkInference，RNASeq，回归，软件，转录，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	futile.logger，使彻底失败，拼接而成，reshape2，data.table，matrixStats，矩阵，GenomicRanges，RColorBrewer，ComplexHeatmap，DESeq2，circlize，进步， utils，方法，stringr，尺度，igraph，S4Vectors，ggplot2，rlang，Biostrings，GenomeInfoDb，SummarizedExperiment，forcats，gridExtra，limma，tidyselect，readr、网格tidyr，dplyr，统计，grDevices，图形，magrittr，宠物猫，冬青，色彩，biomaRt
链接
建议	knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，IHW，clusterProfiler，ReactomePA，剂量，BiocFileCache，ChIPseeker，testthat(> = 3.0.0),BiocStyle，csaw，BiocParallel，topGO，健壮的，variancePartition，purrr
SystemRequirements
增强了
URL	https://grp-zaugg.embl-community.io/GRaNIE
BugReports	https://git.embl.de/grp-zaugg/GRaNIE/issues
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包档案

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源包	GRaNIE_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	GRaNIE_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GRaNIE_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GRaNIE_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GRaNIE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GRaNIE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GRaNIE/
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