GenomicInteractionNodes

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractionNodes

R/Bioconductor包用于从HiC/HiChIP/HiCAR数据中检测相互作用节点

Bioconductor版本:发行版(3.16)

GenomicInteractionNodes包可以从bedpe文件导入交互，并定义交互节点，即具有多个交互循环的基因组交互位点。相互作用节点是调控一个或多个基因的结合平台。检测到的交互节点将被注释以进行下游验证。

作者:欧建宏[aut, cre]，刁雅睿[fnd]

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicInteractionNodes”)

超文本标记语言	R脚本	GenomicInteractionNodes装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	嗝，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)， stats
进口	AnnotationDbi，图，GO.db，GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomeInfoDb、方法、IRanges，RBGL，S4Vectors
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown，rtracklayer，testthat，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jianhong/GenomicInteractionNodes
BugReports	https://github.com/jianhong/GenomicInteractionNodes/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicInteractionNodes_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicInteractionNodes_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GenomicInteractionNodes_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GenomicInteractionNodes_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractionNodes
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicInteractionNodes
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicInteractionNodes/
软件包下载报告	下载数据