GenomicRanges

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicRanges

基因组间隔的表示和操作

Bioconductor版本:发行版(3.13)

在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时，有效地表示和操作基因组注释和比对的能力发挥着核心作用。GenomicRanges包定义了通用容器，用于存储和操作基因组间隔和基因组定义的变量。更专门的容器分别定义在GenomicAlignments和summarizeexperiment包中，用于表示和操作针对参考基因组的短对齐，或类似矩阵的实验摘要。这两个软件包都建立在GenomicRanges基础设施之上。

作者:P. Aboyoun, H. Pagès, M. Lawrence

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GenomicRanges")

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文档

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browseVignettes(“GenomicRanges”)

超文本标记语言	R脚本	1.genome ranges软件包简介
PDF	R脚本	2.GenomicRanges howto
PDF	R脚本	3.GRanges和GRangesList对象的简要介绍(幻灯片)
PDF	R脚本	4.你不知道的十件事(幻灯片来自bio2016)
PDF	R脚本	5.延长GenomicRanges
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，DataRepresentation，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，stats4，BiocGenerics(> = 0.37.0),S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),GenomeInfoDb(> = 1.15.2)
进口	跑龙套,统计数据,XVector(> = 0.29.2)
链接	S4Vectors，IRanges
建议	矩阵，Biobase，AnnotationDbi，注释，Biostrings(> = 2.25.3),SummarizedExperiment(> = 0.1.5),Rsamtools(> = 1.13.53),GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，Gviz，VariantAnnotation，AnnotationHub，DESeq2，DEXSeq，刨边机，KEGGgraph，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，pasillaBamSubset，KEGGREST，hgu95av2.db，hgu95av2probe，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，RUnit，消化，knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GenomicRanges/issues
全靠我	AllelicImbalance，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，BaalChIP，Basic4Cseq，BasicSTARRseq，baySeq，biomvRCNS，BiSeq，bnbc，BPRMeth，breakpointR，BSgenome，bsseq，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，CAGEfightR，卡斯珀，ChAMPdata，chimeraviz，ChIPanalyser，ChIPComp，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseq，chromPlot，chromstaR，chromswitch，CINdex，cn.mops，cnvGSA，CNVPanelizer，CNVRanger，可可，compEpiTools，consensusSeekeR，CSAR，csaw，CSSQ，deepSNV，DEScan2，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMCFB，DMCHMM，DMRcaller，DMRforPairs，DNAshapeR，EatonEtAlChIPseq，EnrichedHeatmap，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，epihet，esATAC，EuPathDB，ExCluster，exomeCopy，fastseg，fCCAC，FunChIP，GeneBreak，geneRxCluster，GenomicAlignments，GenomicDistributions，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicOZone，GenomicScores，GenomicTuples，genoset，gmapR，gmoviz，GMRP，哥特，GreyListChIP，groHMM，gtrellis，GUIDEseq，吉他，Gviz，HelloRanges，hiAnnotator，HiTC，IdeoViz，igvR，InPAS，InTAD，intansv，InteractionSet，感兴趣，IWTomics，karyoploteR，liftOver，微波激射器，工商管理硕士，梅丽莎，metagene，metagene2，methimpute，methyAnalysis，methylKit，methylPipe，minfi，MotifDb，msgbsR，MutationalPatterns，NADfinder，OmicCircos，ORFik，periodicDNA，plyranges，podkat，QuasR，r3Cseq，RaggedExperiment，ramr，Rcade，收回，地区，RepViz，rfPred，rGREAT，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RJMCMCNucleosomes，RNAmodR，RnBeads，RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，Scale4C，SCATEData，范围，segmentSeq，seqbias，seqCAT，SeqGate，测序，SGSeq，SICtools，SigFuge，击杀，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SomaticSignatures，StructuralVariantAnnotation，SummarizedExperiment，TarSeqQC，三硝基甲苯，trackViewer，TransView，tra利用，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，VanillaICE，VarCon，VariantAnnotation，VariantExperiment，VariantTools，VplotR，vtpnet，火神，wavClusteR，WGSmapp，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，YAPSA
进口我	王牌，ALDEx2，高山，阿尔卑斯山脉，amplican，AnnotationFilter，annotatr，APAlyzer，apeglm，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，AssessORF，ATACseqQC，BadRegionFinder，舞会礼服，bambu，bamsignals，BBCAnalyzer，beadarray，击败，BiFET，BiocOncoTK，BioTIP，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，brainflowprobes，分歧点，BRGenomics，BSgenome，BUSpaRse，篮球选手，cBioPortalData，CexoR，cgdv17，冠军，别致的，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，ChIPSeqSpike，chromDraw，ChromHeatMap，ChromSCape，chromVAR，西塞罗，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，cn，CNVfilteR，CNViz，彗星，compartmap，contiBAIT，conumee，copynumber，CopyNumberPlots，文案，COSMIC.67，CoverageView，crisprseekplus，CrispRVariants，customProDB，DAMEfinder，dasper，debrowser，decompTumor2Sig，位深蓝，反编排，DegNorm，deltaCaptureC，derfinder，derfinderPlot，DEWSeq，diffloop，diffUTR，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，DRIMSeq，easyRNASeq，EDASeq，eisaR，埃尔默，ELMER.data，ENCODExplorer，enrichTF，epialleleR，epidecodeR，epigraHMM，EpiTxDb，epivizr，epivizrData，erma，EventPointer，exomePeak2，fcScan，FilterFFPE，fitCons.UCSC.hg19，弗雷泽，GA4GHclient，gcapc，genbankr，geneAttribution，GeneGeneInteR，《创世纪》，GeneStructureTools，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicDistributionsData，GenomicInteractions，genotypeeval，GenVisR，ggbio，GOfuncR，gpart软件，gwascat，h5vc，的热图，HiCBricks，HiCcompare，HiCDCPlus，HilbertCurve，希尔达，hiReadsProcessor，HTSeqGenie，蜂鸟，icetea，理想的，idr2d，ima，检查，InterMineR，ipdDb，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，iteremoval，iva，karyoploteR，leeBamViews，loci2path，萝拉，LoomExperiment，光民，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，MafH5.gnomAD.r3.0.GRCh38，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，mCSEA，联合化疗，餐，MEDIPS，megadepth，模因，metaseqR2，MethCP，methInheritSim，MethReg，methrix，methyAnalysis，methylCC，methylInheritance，MethylSeekR，MethylSeqData，methylSig，methylumi，MinimumDistance，米拉，missMethyl，MMAPPR2，MMDiff2，Modstrings，马赛克，motifbreakR，motifmatchr，MouseFM，MultiAssayExperiment，multicrispr，MultiDataSet，multiHiCcompare，MungeSumstats，musicatk，NanoMethViz，ncRNAtools，nearBynding，netDx，NoRCE，normr，诊断，oligoClasses，OmaDB，openPrimeR，Organism.dplyr，OrganismDbi，先驱者，packFinder，网页排名，panelcn.mops，过去的，pcaExplorer，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，PhIPData，π，图片，平，pqsfinder，婴儿车，prebs，preciseTAD，PrecisionTrialDrawer，primirTSS，高伦雅芙，proBAMr，profileplyr，PureCN，Pviz，pwOmics，QDNAseq，qpgraph，qsea，Qtlizer，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，美国广播公司，rCGH，RcisTarget，重新计票，recount3，recountWorkflow，地区，regionReport，regutools，REMP，Repitools，rGADEM，RGMQL，Rhisat2，RiboDiPA，RiboProfiling，RIPAT，Rmmquant，rnaEditr，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，RNAprobR，rnaSeqMap，咆哮，RTCGAToolbox，SCATE，scmeth，scoreInvHap，scPipe，scRNAseq，颈背，天窗，seq2pathway，SeqArray，seqPattern，seqplots，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，芝麻，sevenC，shinyepico，ShortRead，签名者，SigsPack，SimFFPE，simulatorZ，SingleCellExperiment，SingleMoleculeFootprinting，sitadela，snapcount，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SparseSignatures，SpectralTAD，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，strandCheckR，systemPipeR，systemPipeRdata，TAPseq，目标，TCGAbiolinks，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCseq，TFARM，TFBSTools，TFEA。芯片，TFHAZ，TitanCNA，tLOH，tracktables，transcriptR，石棉水泥板，trena，三轮车，三层，tscR，TSRchitect，TVTB，tximeta，Ularcirc，UMI4Cats，uncoverappLib，Uniquorn，VariantFiltering，VariantToolsData，VaSP，VCFArray，wiggleplotr，XNAString，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38
建议我	alternativeSplicingEvents.hg19，alternativeSplicingEvents.hg38，AnnotationHub，自治，BeadArrayUseCases，biobroom，BiocGenerics，BiocParallel，CAGEWorkflow，芝加哥，CNVgears，ComplexHeatmap，腰带，epivizrChart，GenomeInfoDb，GenomicState，GeuvadisTranscriptExpr，Glimma，GSReg，GWASTools，HDF5Array，InteractiveComplexHeatmap，interactiveDisplay，IRanges，maftools，海市蜃楼，纳米管，omicsPrint，奥纳西斯，parglms，recountmethylation，RNAmodR。数据，RTCGA，S4Vectors，SeqGSEA，sesameData，Single.mTEC.Transcriptomes，飞溅，TFutils，universalmotif
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicRanges_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.44.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicRanges_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicRanges
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicRanges
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/
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