HIBAG

DOI:10.18129 / B9.bioc.HIBAG

HLA基因型植入与属性套袋

Bioconductor版本:发行版(3.16)

使用GWAS SNP数据输入HLA经典等位基因，它依赖于HLA和SNP基因型的训练集。HIBAG可以被有公开参数估计的研究人员使用，而不需要访问大型训练样本数据集。它结合了属性套袋的概念，集成分类器的方法，单倍型推断snp和HLA类型。属性套袋是一种利用自举聚合和随机变量选择来提高分类器集成的准确性和稳定性的技术。

作者:郑秀文[aut, cre, cph]，布鲁斯·威尔[ctb, ths]

维护者:郑秀文

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“HIBAG”)

超文本标记语言	R脚本	HIBAG算法实现
超文本标记语言	R脚本	HIBAG vignette html
超文本标记语言	R脚本	HLA关联小插图html
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细节

biocViews	遗传学，软件，StatisticalMethod
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.2.0)
进口	方法,RcppParallel
链接	RcppParallel(> = 5.0.0)
建议	平行,ggplot2，reshape2，gdsfmt，SNPRelate，SeqArray，knitr，减价，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/zhengxwen/HIBAGhttps://hibag.s3.amazonaws.com/index.html
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	HIBAG_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	HIBAG_1.34.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	HIBAG_1.34.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	HIBAG_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HIBAG
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HIBAG
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HIBAG/
软件包下载报告	下载数据