MSstatsLiP

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsLiP

基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中的LiP显著性分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

LiP肽和蛋白显著性分析工具。提供概述、估计LiP肽丰度和检测跨条件变化的功能。利用MSstats系列包的功能。

作者:Devon Kohler [aut, cre]，蔡宗恒[aut]，黄婷[aut]， Mateusz Staniak [aut]， Meena Choi [aut]， Valentina Cappelletti [aut]， Liliana Malinovska [aut]， Olga Vitek [aut]

维护者:德文·科勒<科勒。D在northeastern。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MSstatsLiP”)

超文本标记语言	R脚本	MSstatsLiP蛋白水解工作流
超文本标记语言	R脚本	MSstatsLiP工作流:MSstatsLiP包的示例工作流和分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，MassSpectrometry，归一化，OneChannel，蛋白质组学，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.4.1
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，gridExtra，stringr，ggplot2grDevices,MSstats，MSstatsConvert，data.table，Biostrings，MSstatsPTM，Rcpp，使彻底失败，factoextra，ggpubr，purrr，宠物猫，tidyr，tidyverse，尺度,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，covr，tinytest，gghighlight
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsLiP/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MSstatsLiP_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	MSstatsLiP_1.4.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MSstatsLiP_1.4.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MSstatsLiP_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsLiP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSstatsLiP
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MSstatsLiP/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MSstatsLiP/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档