Macarron

DOI:10.18129 / B9.bioc.Macarron

从流行病学和环境代谢组学数据集中优先考虑潜在的生物活性代谢特征

Bioconductor版本:发行版(3.16)

马卡龙是代谢组学实验中潜在生物活性代谢物优先排序的工作流程。优先排序整合了生物活性证据的优势，如与已知代谢物的共变异，相对于已知代谢物的丰度以及与生物活性的环境或表型指标的关联。广义上，该工作流程包括代谢光谱特征的分层聚类，这些特征在某种条件下的丰度共同变化，功能注释的转移，相对丰度的估计和差异丰度分析，以确定特征与表型/条件之间的关联。

作者:Amrisha Bhosle [aut]， Ludwig Geistlinger [aut]， Sagun Maharjan [aut, cre]

维护者:Sagun Maharjan

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Macarron”)

超文本标记语言	R脚本	Macarron
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，报道，FunctionalPrediction，代谢组学，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)，SummarizedExperiment
进口	BiocParallel，DelayedArray，WGCNA，ff，data.table，dynamicTreeCut，Maaslin2，plyr统计数据,心理，xml2，RCurl，RJSONIO，日志记录，方法，utils
链接
建议	knitr，BiocStyle，optparse，testthat(> =魅惑,rmarkdown，减价
SystemRequirements
增强了
URL	http://huttenhower.sph.harvard.edu/macarron
BugReports	https://forum.biobakery.org/c/microbial-community-profiling/macarron
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Macarron_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	Macarron_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Macarron_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Macarron_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Macarron
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Macarron
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Macarron/
软件包下载报告	下载数据