MicrobiotaProcess

DOI:10.18129 / B9.bioc.MicrobiotaProcess

一个全面的R包，在整洁的框架内管理和分析微生物组和其他生态数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

MicrobiotaProcess是一个用于微生物数据集分析、可视化和生物标志物发现的R包。它引入了MPSE类，这使得它与现有的计算生态系统更具互操作性。此外，还介绍了一种简洁的微生物组数据结构范式和分析语法。它在统一通用的框架下(整齐的框架)提供了多种多样的微生物组数据分析程序。

作者:徐双斌[aut, cre]，于广创[aut, ctb]

维护人员:徐双斌< x双斌at 163.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MicrobiotaProcess”)

超文本标记语言	R脚本	微生物工艺简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FeatureExtraction，微生物组，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.10.2
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (>= 3.0)
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	猿，tidyr，ggplot2，magrittr，dplyr，Biostrings，ggrepel，素食主义者，动物园，ggtree，tidytree(> = 0.3.9),质量、方法、rlang，宠物猫， grDevices, stats, utils，硬币，ggsignif，拼接而成，ggstar，tidyselect，SummarizedExperiment，foreach，treeio(> = 1.17.2),支柱，plyr，dtplyr，ggtreeExtra，data.table
链接
建议	rmarkdown，prettydoc，testthat，knitr，nlme，phangorn，解读，randomForest，jsonlite，biomformat，尺度，yaml，withr，S4Vectors，purrr，seqmagick，胶水，corrr，ggupset，ggVennDiagram，gghalves，ggalluvial(> = 0.11.1),forcats，cli，phyloseq，aplot，ggnewscale，ggside，ggh4x，hopach平行,shadowtext，DirichletMultinomial
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	MicrobiotaProcess_1.10.2.tar.gz
Windows二进制	MicrobiotaProcess_1.10.2.zip
macOS二进制文件(x86_64)	MicrobiotaProcess_1.10.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	MicrobiotaProcess_1.10.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiotaProcess
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MicrobiotaProcess
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/MicrobiotaProcess/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MicrobiotaProcess/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档