Motif2Site

DOI:10.18129 / B9.bioc.Motif2Site

从motif和ChIP-seq实验中检测结合位点，并比较不同条件下的结合位点

Bioconductor版本:发行版(3.16)

使用基序IUPAC序列或床坐标和ChIP-seq实验在床或bam格式检测结合位点。结合/比较不同实验、组织或条件下的结合位点。所有归一化和微分步骤均采用TMM-GLM方法完成。信号分解是通过将模态设置为正态分布曲线的混合中心来完成的。

作者:Peyman Zarrineh [cre, aut]

维护者:Peyman Zarrineh < Peyman。Zarrineh在manchester.ac.uk>报道

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Motif2Site")

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文档

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browseVignettes(“Motif2Site”)

超文本标记语言	R脚本	Motif2Site
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialPeakCalling，表观遗传学，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)
进口	S4Vectors，统计，utils，方法，grDevices，图形，BiocGenerics，BSgenome，GenomeInfoDb，质量，IRanges，GenomicRanges，Biostrings，GenomicAlignments，刨边机，mixtools
链接
建议	BiocStyle，rmarkdown，knitr，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ManchesterBioinference/Motif2Site/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Motif2Site_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	Motif2Site_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	Motif2Site_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	Motif2Site_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Motif2Site
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Motif2Site
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Motif2Site/
软件包下载报告	下载数据