NeuCA

DOI:10.18129 / B9.bioc.NeuCA

神经网络的单细胞注释工具

Bioconductor版本:版本(3.16)

NeuCA是scRNA-seq数据注释是一个基于神经网络的方法。它可以自动调整其分类策略根据细胞类型相关性,准确标注细胞。NeuCA可以自动利用结构信息的细胞类型,通过分层树改善注释准确性。这是特别有用数据包含细胞类型密切相关。

作者:李章子怡(aut),郝冯(aut (cre)

维修工:郝冯< hxf155 case.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NeuCA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“NeuCA”)

HTML	R脚本	NeuCA包用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类,DataImport,DataRepresentation,GeneExpression,NeuralNetwork,预处理,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录,转录组
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0),keras,limma,e1071,SingleCellExperiment
进口
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,networkD3
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	NeuCA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	NeuCA_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NeuCA_1.4.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NeuCA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NeuCA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NeuCA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NeuCA/
包下载报告	下载数据