NewWave

DOI:10.18129 / B9.bioc.NewWave

scRNA-seq负二项模型

Bioconductor版本:版本(3.17)

降维的模型设计和批处理效果为scRNA-seq数据删除。它被设计成大规模的并行使用共享对象,防止内存复制,它可以用于不同的mini-batch方法以减少时间消耗。它假定的负二项分布数据与色散参数可以genewise commonwise跨基因。

作者:费德里科•Agostinis (aut (cre),奇亚拉Romualdi (aut) Gabriele销售(aut),大卫Risso (aut)

维护人员:费德里科•Agostinis <费德里科•。在outlook.com agostinis >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NewWave”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	BatchEffect,报道,GeneExpression,回归,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment
进口	方法,SingleCellExperiment、平行、irlba矩阵,DelayedArray,BiocSingular,SharedObject,统计数据
链接
建议	testthat rmarkdown,飞溅,Rtsne mclust ggplot2 Rcpp,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/fedeago/NewWave/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制	NewWave_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NewWave_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	NewWave_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NewWave
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NewWave
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/NewWave/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NewWave/
包下载报告	下载数据