食人魔

DOI:10.18129 / B9.bioc.OGRE

计算，可视化和分析基因组区域之间的重叠

Bioconductor版本:发行版(3.15)

OGRE计算用户定义的基因组区域数据集之间的重叠。任何区域都可以被提供，例如基因、snp或测序实验中的reads。关键数字有助于分析重叠的范围，这也可以在基因组水平上可视化。

作者:Sven Berres [aut, cre]， Jörg Gromoll [ctb]， Marius Wöste [ctb]， Sarah Sandmann [ctb]， Sandra Laurentino [ctb]

维护者:Sven Berres

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("OGRE")

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文档

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browseVignettes(“食人魔”)

超文本标记语言	R脚本	食人魔
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文本		新闻

细节

biocViews	注释，BiologicalQuestion，宏基因组，测序，软件，可视化，WorkflowStep
版本	1.0.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)，S4Vectors
进口	GenomicRanges、方法、data.table，为了，ggplot2，Gviz，IRanges，AnnotationHub， grDevices, stats，GenomeInfoDb，闪亮的，shinyFiles，DT，rtracklayer，shinydashboard，shinyBS，tidyr
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),knitr(> = 1.36),rmarkdown(> = 2.11)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/svenbioinf/OGRE/
BugReports	https://github.com/svenbioinf/OGRE/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	OGRE_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	OGRE_1.0.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	OGRE_1.0.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/OGRE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OGRE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/OGRE/
软件包下载报告	下载数据