Bioconductor版本:Release (3.15)
PanomiR是一个包,用于从基因表达数据中检测靶向通路组的mirna。该包提供了生成通路活性谱的功能,在用户指定的条件下确定不同激活的通路,通过PCxN包确定通路集群,并生成靶向通路集群的mirna。这些函数可以单独使用,也可以依次使用来分析RNA-Seq数据。
作者:Pourya Naderi [aut, cre], Yue Yang (Alan) Teo [aut], Ilya Sytchev [aut], Winston Hide [aut]
维护者:Pourya Naderi
引文(从R内,输入引用(“PanomiR”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“PanomiR”)
超文本标记语言 | R脚本 | PanomiR教程 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,通路,软件,microrna的 |
版本 | 1.0.2中 |
在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R (>= 4.2.0) |
进口 | clusterProfiler,dplyr,forcats,GSEABase,igraph,limma,metap,org.Hs.eg.db平行,preprocessCore,RColorBrewer,rlang,宠物猫,withr,跑龙套 |
链接 | |
建议 | testthat(> = 3.0.0),BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/pouryany/PanomiR |
BugReports | https://github.com/pouryany/PanomiR/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | PanomiR_1.0.2.tar.gz |
Windows二进制 | PanomiR_1.0.2.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | PanomiR_1.0.2.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PanomiR |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PanomiR |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/PanomiR/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
BioC 3.15的旧源包 | 源存档 |
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