PanomiR

DOI:10.18129 / B9.bioc.PanomiR

检测调控相互作用通路组的miRNAs

Bioconductor版本:Release (3.15)

PanomiR是一个包,用于从基因表达数据中检测靶向通路组的mirna。该包提供了生成通路活性谱的功能,在用户指定的条件下确定不同激活的通路,通过PCxN包确定通路集群,并生成靶向通路集群的mirna。这些函数可以单独使用,也可以依次使用来分析RNA-Seq数据。

作者:Pourya Naderi [aut, cre], Yue Yang (Alan) Teo [aut], Ilya Sytchev [aut], Winston Hide [aut]

维护者:Pourya Naderi

引文(从R内,输入引用(“PanomiR”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“PanomiR”)

超文本标记语言 R脚本 PanomiR教程
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichmentGeneTarget通路软件microrna的
版本 1.0.2中
在Bioconductor BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.2.0)
进口 clusterProfilerdplyrforcatsGSEABaseigraphlimmametaporg.Hs.eg.db平行,preprocessCoreRColorBrewerrlang宠物猫withr,跑龙套
链接
建议 testthat(> = 3.0.0),BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/pouryany/PanomiR
BugReports https://github.com/pouryany/PanomiR/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 PanomiR_1.0.2.tar.gz
Windows二进制 PanomiR_1.0.2.zip
macOS二进制文件(x86_64) PanomiR_1.0.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PanomiR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PanomiR
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/PanomiR/
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