Bioconductor版本:发行版(3.16)
包含一组功能,以执行大规模的药物基因组数据分析。其中包括用于存储药物基因组实验结果的PharmacoSet对象,以及用于计算药物剂量反应的常见摘要并将其与癌细胞系中的分子特征相关联的许多函数。
作者:Petr Smirnov [aut], Christopher Eeles [aut], Zhaleh Safikhani [aut], Mark Freeman [aut],菲菲Li [aut], Benjamin Haibe-Kains [aut, cre]
维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>
引文(从R内,输入引用(“PharmacoGx”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“PharmacoGx”)
超文本标记语言 | R脚本 | 创建PharmacoSet对象 |
超文本标记语言 | R脚本 | PharmacoGx:用于分析大型药物基因组数据集的R包 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件 |
版本 | 3.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年) |
许可证 | GPL (>= 3) |
取决于 | R (>= 3.6),CoreGx |
进口 | BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,SummarizedExperiment,MultiAssayExperiment,BiocParallel,ggplot2,magicaxis,RColorBrewer平行,caTools、方法、下载器,统计,utils,图形,grDevices,reshape2,jsonlite,data.table,使彻底失败,引导,鸡笼 |
链接 | Rcpp |
建议 | 老鸨,rmarkdown,knitr,knitcitations,蜡笔,testthat,减价,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/bhklab/PharmacoGx/issues |
全靠我 | |
进口我 | Xeva |
建议我 | ToxicoGx |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | PharmacoGx_3.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | PharmacoGx_3.2.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | PharmacoGx_3.2.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | PharmacoGx_3.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PharmacoGx |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PharmacoGx |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/PharmacoGx/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/PharmacoGx/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
文档»
Bioconductor
支持»
请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一: