PureCN

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

拷贝号调用和SNV分类使用目标短读测序

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性损失(LOH)，并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变体(SNVs)进行分类。PureCN是专为靶向短读测序数据而设计的，与标准的体细胞变异检测和拷贝数管道集成良好，并支持不匹配正常样本的肿瘤样本。

作者:Markus Riester [aut, cre]，安加德·p·辛格[au]

维护者:Markus Riester < Markus。里斯特在novarti.com >

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“PureCN”)

超文本标记语言	R脚本	最佳实践，快速启动和命令行使用
PDF	R脚本	PureCN R包概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，报道，ImmunoOncology，测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，DNAcopy，VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer，S4Vectors，data.table， grDevices，图形，统计，utils，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，Rsamtools，Biobase，Biostrings，BiocGenerics，rtracklayer，ggplot2，gridExtra，futile.logger，VGAM，工具，方法，mclust，rhdf5，矩阵
链接
建议	BiocParallel，BiocStyle，PSCBS，R.utils，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，copynumber，covr，knitr，optparse，org.Hs.eg.db，jsonlite，减价，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了	基因组数据库(>= 0.0.3)
URL	https://github.com/lima1/PureCN
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	PureCN_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	PureCN_2.4.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	PureCN_2.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	PureCN_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/PureCN
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/PureCN/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PureCN/
软件包下载报告	下载数据