QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

在R中量化和注释短读

Bioconductor版本:发行版(3.16)

这个包为短读的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了一个完整的工作流程，从原始序列读取，比对和质量控制图的创建，到感兴趣的基因组区域的量化。

作者:Anita Lerch [aut]， Charlotte Soneson [aut]， Dimos Gaidatzis [aut]， Michael Stadler [aut, cre]

维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“QuasR”)

超文本标记语言	R脚本	类星体简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，ImmunoOncology，MethylSeq，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.38.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 4.1)，平行，GenomicRanges，Rbowtie
进口	方法，grDevices，图形，utils，统计，工具，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，Biobase，Biostrings，BSgenome，Rsamtools(> = 2.13.1),GenomicFeatures，ShortRead，BiocParallel，GenomeInfoDb，rtracklayer，GenomicFiles，AnnotationDbi
链接	Rhtslib(> = 1.99.1)
建议	Gviz，BiocStyle，GenomicAlignments，Rhisat2，knitr，rmarkdown，covr，testthat
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我	SingleMoleculeFootprinting
建议我	eisaR
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	QuasR_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.38.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	QuasR_1.38.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	QuasR_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QuasR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/QuasR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/QuasR/
软件包下载报告	下载数据