Rqc

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rqc

高通量测序数据的质量控制工具

Bioconductor版本:版本(3.17)

Rqc是一个优化工具用于高通量测序数据的质量控制和评估。它执行并行处理整个文件并生成一个报告,包含一组高分辨率图形。

作者:Welliton Souza, Benilton卡瓦略< beniltoncarvalho gmail.com >

维护人员:Welliton Souza < well309 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rqc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	使用Rqc
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文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,质量控制,测序,软件
版本	1.34.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	BiocParallel,ShortRead,ggplot2
进口	BiocGenerics(> = 0.25.1),Biostrings,IRanges、方法、S4Vectorsknitr (> = 1.7),BiocStyleplyr减价,网格、reshape2 Rcpp (> = 0.11.6),biovizBase闪亮的,Rsamtools,GenomicAlignments,GenomicFiles
链接	Rcpp
建议	rmarkdown, testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/labbcb/Rqc
BugReports	https://github.com/labbcb/Rqc/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rqc_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	Rqc_1.34.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	Rqc_1.34.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Rqc_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rqc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rqc
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Rqc/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rqc/
包下载报告	下载数据