Rsamtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsamtools

二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入

Bioconductor版本:发行版(3.13)

这个包提供了一个到'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序的接口，用于操作SAM(序列对齐/映射)，FASTA，二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。

作者:马丁·摩根，Hervé Pagès，瓦莱丽·奥本chain，纳撒尼尔·海登

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rsamtools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF	R脚本	Rsamtools的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证
视频		Rsamtools的连环车祸

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，质量控制，测序，软件
版本	2.8.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(11年)
许可证	artist -2.0 |文件许可证
取决于	方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(>= 2.47.6)， r (>= 3.5.0)
进口	跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc，bitops，BiocParallel,统计数据
链接	Rhtslib(> = 1.17.7),S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings
建议	GenomicAlignments，ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools
BugReports	https://github.com/Bioconductor/Rsamtools/issues
全靠我	ArrayExpressHTS，BaalChIP，BitSeq，食典委，contiBAIT，CoverageView，esATAC，exomeCopy，弗雷泽，GenomicAlignments，GenomicFiles，girafe，gmapR，HelloRanges，感兴趣，leeBamViews，MEDIPS，methylPipe，MMDiff2，podkat，r3Cseq，Rcade，RepViz，ReQON，rfPred，RiboDiPA，rnaSeqMap，范围，测序，SGSeq，ShortRead，SICtools，SNPhood，ssviz，systemPipeR，TarSeqQC，TBX20BamSubset，TEQC，VariantAnnotation，wavClusteR
进口我	AllelicImbalance，高山，AneuFinder，annmap，AnnotationHubData，APAlyzer，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，ATACseqQC，BadRegionFinder，bambu，BBCAnalyzer，biovizBase，biscuiteer，breakpointR，BRGenomics，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，cellbaseR，CexoR，别致的，chimeraviz，ChIPComp，ChIPexoQual，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseqDBData，ChIPSeqSpike，ChromSCape，chromstaR，chromVAR，cn.mops，CNVfilteR，CNVPanelizer，CNVrd2，compEpiTools，consensusDE，CopyNumberPlots，文案，CrispRVariants，csaw，CSSQ，customProDB，DAMEfinder，DegNorm，derfinder，DEXSeq，DiffBind，diffHic，easyRNASeq，EDASeq，ensembldb，epialleleR，epigenomix，epigraHMM，eudysbiome，exomePeak2，FilterFFPE，FunChIP，gcapc，GeneGeneInteR，GenoGAM，genomation，GenomicAlignments，GenomicInteractions，GenVisR，ggbio，gmoviz，哥特，GreyListChIP，GUIDEseq，Gviz，h5vc，HTSeqGenie，icetea，ima，检查，karyoploteR，ldblock，LungCancerLines，MACPET，MADSEQ，联合化疗，metagene，metagene2，metaseqR2，methylKit，MMAPPR2，MMAPPR2data，马赛克，motifmatchr，msgbsR，NADfinder，NanoMethViz，nearBynding，诊断，ORFik，panelcn.mops，图片，plyranges，婴儿车，PureCN，QDNAseq，qsea，QuasR，R453Plus1Toolbox，ramwas，收回，Repitools，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RNAmodR，RNAprobR，RNASeqR，Rqc，rtracklayer，颈背，segmentSeq，seqplots，seqsetvis，SimFFPE，sitadela，soGGi，SplicingGraphs，srnadiff，strandCheckR，systemPipeRdata，TCseq，TFutils，tracktables，trackViewer，transcriptR，tRNAscanImport，TSRchitect，TVTB，UMI4Cats，uncoverappLib，VariantFiltering，VariantTools，VaSP，VCFArray，VplotR
建议我	AnnotationHub，bamsignals，BaseSpaceR，BiocGenerics，BiocParallel，biomvRCNS，芝加哥，chipseqDB，epivizrChart，计，GenomeInfoDb，GenomicDataCommons，GenomicFeatures，GenomicRanges，GeuvadisTranscriptExpr，gwascat，IRanges，NanoporeRNASeq，omicsPrint，parathyroidSE，profileplyr，RNAmodR。毫升，SeqArray，seqbias，SigFuge，similaRpeak，彩带
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	Rsamtools_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_2.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Rsamtools_2.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsamtools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Rsamtools
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools/
软件包下载报告	下载数据