SAIGEgds

DOI:10.18129 / B9.bioc.SAIGEgds

在全现象关联研究中使用GDS文件的广义混合模型的可伸缩实现

Bioconductor版本:发行版(3.16)

具有高度优化的c++实现和与基因组数据结构(GDS)文件集成的通用混合模型的可伸缩实现。它被设计用于具有数百万个变体和样本的大规模全现象关联研究(PheWAS)中的单变体测试，控制样本结构和病例-对照不平衡。该实现基于原始的SAIGE R包(v0.29.4.4用于单变量测试，Zhou等人。2018)。SAIGEgds还在C中实现了一些SPAtest函数，以加速鞍点近似的计算。基准测试表明，SAIGEgds比原始的SAIGE R包快5到6倍。

作者:郑秀文[aut, cre]，周伟[ctb] (SAIGE R包的原作者)，J. Wade Davis [ctb]

维护者:郑秀文<秀文。郑在abbvie.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SAIGEgds”)

超文本标记语言	R脚本	SAIGEgds教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	遗传学，GenomeWideAssociation，软件，StatisticalMethod
版本	1.12.3
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，gdsfmt(> = 1.20.0),SeqArray(> = 1.31.8),Rcpp
进口	方法，统计，效用，RcppParallel，接二连三(> = 3.0.0)
链接	Rcpp，RcppArmadillo，RcppParallel(> = 5.0.0)
建议	平行,蜡笔，RUnit，knitr，减价，rmarkdown，BiocGenerics，SNPRelate，ggmanh
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SAIGEgds
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SAIGEgds_1.12.3.tar.gz
Windows二进制	SAIGEgds_1.12.3.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SAIGEgds_1.12.3.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SAIGEgds_1.12.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SAIGEgds
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SAIGEgds
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SAIGEgds/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SAIGEgds/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档