SeqArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqArray

大规模全基因组序列变异调用的数据管理

Bioconductor版本:发行版(3.16)

数千个个体的大规模全基因组测序变异调用的数据管理:基因型数据(如snv、indes和结构变异调用)和SeqArray GDS文件中的注释以面向数组和压缩的方式存储，使用R编程语言进行高效的数据访问。

作者:郑秀文[aut, cre]，斯蒂芬妮·戈加滕[aut]，大卫·莱文[ctb]，凯西·劳里[ctb]

维护者:郑秀文

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SeqArray”)

超文本标记语言	R脚本	R集成
超文本标记语言	R脚本	SeqArray数据格式和访问
超文本标记语言		SeqArray概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，遗传学，基础设施，测序，软件
版本	1.38.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，gdsfmt(> = 1.31.1)
进口	方法、并行IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，Biostrings，S4Vectors
链接	gdsfmt
建议	Biobase，BiocGenerics，BiocParallel，RUnit，Rcpp，SNPRelate，消化，蜡笔，knitr，减价，rmarkdown，Rsamtools，VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zhengxwen/SeqArray
BugReports	https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues
全靠我	GBScleanR，SAIGEgds，SeqVarTools
进口我	GDSArray，《创世纪》，ggmanh，VariantExperiment
建议我	DelayedDataFrame，HIBAG，VCFArray
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SeqArray_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	SeqArray_1.38.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	SeqArray_1.38.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	SeqArray_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqArray
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SeqArray/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SeqArray/
软件包下载报告	下载数据