ShortRead

DOI:10.18129 / B9.bioc.ShortRead

FASTQ输入和操作

生物导体版本:发布(3.13)

这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该包包含过滤和调整读取的功能，以及生成质量评估报告的功能。数据以dnastringset派生的对象表示，易于操作，目的多种多样。该包还包含对早期单端、无间隙对齐格式的遗留支持。

作者:Martin Morgan, Michael Lawrence, Simon Anders

Maintainer: Bioconductor Package Maintainer < Maintainer at Bioconductor。org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("ShortRead")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ShortRead”)

PDF	R脚本	ShortRead简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.50.0
Bioconductor自	BioC 2.3 (R-2.8)(12.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.23.3),BiocParallel，Biostrings(> = 2.47.6),Rsamtools(> = 1.31.2),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口	Biobase，S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.31.8),hwriter、方法、zlibbioc，晶格，latticeExtra
链接	S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings，Rhtslib，zlibbioc
建议	BiocStyle，RUnit，biomaRt，GenomicFeatures，yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	chipseq，EatonEtAlChIPseq，EDASeq，esATAC，girafe，HTSeqGenie，NestLink，OTUbase，Rqc，segmentSeq，测序，systemPipeR
进口我	amplican，ArrayExpressHTS，basecallQC，击败，chipseq，ChIPseqR，ChIPsim，dada2，easyRNASeq，FastqCleaner，哥特，icetea，电离，MACPET，诊断，QuasR，R453Plus1Toolbox，RSVSim，颈背，systemPipeRdata，UMI4Cats
建议我	BiocParallel，CSAR，DBChIP，GenomicAlignments，HiCDataLymphoblast，平，Repitools，Rsamtools，S4Vectors，yeastRNASeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ShortRead_1.50.0.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.50.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ShortRead_1.50.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ShortRead
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ShortRead
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ShortRead/
包下载报告	下载数据