Singlecellexperiment

doi:10.18129/b9.bioc.singlecellexperiment

单元数据的S4类

生物导体版本:版本(3.15)

定义用于从单细胞实验存储数据的S4类。这包括用于存储和检索每个细胞的峰值信息的专门方法,降低降低坐标和尺寸因子以及基因和库的通常元数据。

作者:Aaron Lun [AUT,CPH],Davide Risso [AUT,CRE,CPH],Keegan Korthauer [CTB],Kevin Rue-Albrecht [CTB]

维护者:davide risso

引用(从r内,输入引用(“ Singlecellexperiment”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Singlecellexperiment”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Singlecellexperiment”)

html R脚本 1. Singlecellexperiment课程的介绍
html R脚本 2.涂在单一光彩对象上
html R脚本 3.围绕Singlecellexperiment类发展
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DataImport,,,,datarepresentation,,,,免疫学,,,,基础设施,,,,Singlecell,,,,软件
版本 1.18.0
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(4。5年)
执照 GPL-3
要看 总结性特征
进口 方法,utils,stats,S4VECTORS,,,,生物基因,,,,基因组机,,,,延迟
链接
建议 测试,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,矩阵,,,,scrnaseq(> = 2.9.1),RTSNE
系统要求
增强
URL
取决于我 基本,,,,Batchelor,,,,BAYESSPACE,,,,催化剂,,,,塞尔达,,,,蜂窝架,,,,细胞体,,,,蜂窝轨道,,,,切塔,,,,簇发酵,,,,Cydar,,,,Cytomapper,,,,液滴,,,,实验值,,,,HCADATA,,,,imcdatasets,,,,我明白,,,,loomexpermiment,,,,桅杆,,,,米娅,,,,MousegastrulationData,,,,鼠标抑制,,,,mumosa,,,,muscdata,,,,Neuca,,,,powsc,,,,缩放,,,,Scannotatr,,,,scatac.explorer,,,,评分,,,,Scdataviz,,,,SCGPS,,,,Schex,,,,scpipe,,,,斯克兰,,,,scrnaseq,,,,砍伐,,,,Singlecelltk,,,,Spatiaxlexperiment,,,,飞溅,,,,switchde,,,,tenxbraindata,,,,tenxpbmcdata,,,,tidysinglecellexperiment,,,,tmexplorer,,,,轨迹,,,,树木化的特殊性,,,,三轮车,,,,TSCAN,,,,Zinbwave
进口我 atimpute,,,,骨料,,,,AirPart,,,,APL,,,,阿苏拉特,,,,Baynorm,,,,BEARSCC,,,,Busseq,,,,ccfindr,,,,细胞混蛋,,,,CEPO,,,,染色体,,,,Citefuse,,,,clustifyr,,,,COGAPS,,,,结论,,,,调味品,,,,畜栏,,,,命运,,,,差异调节,,,,恐龙,,,,清楚的,,,,Dittoseq,,,,逃脱,,,,ewce,,,,FCOEX,,,,盛宴,,,,鱼池,,,,火焰,,,,ggspavis,,,,GSVA,,,,河马,,,,伊洛格,,,,Imcrtools,,,,校正,,,,Irisfgm,,,,iseeu,,,,谱系,,,,mbkmeans,,,,metaneighbor,,,,米洛,,,,miqc,,,,Mudata,,,,马斯喀特,,,,星云,,,,NetSmooth,,,,新浪潮,,,,nnsvg,,,,佩科,,,,Phemd,,,,管道,,,,SC3,,,,Scarray,,,,SCBFA,,,,SCCB2,,,,sccomp,,,,scdblfinder,,,,SCDD,,,,SCDS,,,,Schot,,,,scmap,,,,Scmerge,,,,scnorm,,,,烤饼,,,,SCP,,,,scpdata,,,,滚动分类,,,,颈背,,,,scry,,,,sctensor,,,,sctgif,,,,Sctreeviz,,,,Singlecellmultimodal,,,,激流回旋,,,,弹弓,,,,西班牙猎狗,,,,空间Heatmap,,,,空间Libd,,,,聚光灯,,,,spsimseq,,,,待机,,,,Tabulamurissenisdata,,,,Tradeseq,,,,特拉维兹,,,,Treekor,,,,Ucell,,,,VAEXPRS,,,,Velociraptor,,,,waddr,,,,Zellkonverter
建议我 窖藏,,,,Cellxgenedp,,,,desingle,,,,多萝西娅,,,,DuoClustering2018,,,,FCBF,,,,基因组知识,,,,GSE103322,,,,HCA,,,,HDF5Array,,,,Interactivecomplexheatmap,,,,M3Drop,,,,微生物膜,,,,MOFA2,,,,Ontoproc,,,,苯酚,,,,后代,,,,PubScore,,,,qfeatures,,,,scfeaturefilter,,,,SCPCA,,,,滚动,,,,Simplesinglecell,,,,辛格,,,,Tabulamurisdata,,,,Treg
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 singlecellexperiment_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 singlecellexperiment_1.18.0.zip(仅64位)
MacOS 10.13(高山脉) singlecellexperiment_1.18.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singlecellexperiment
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/singlecellexperiment
包装短URL //www.andersvercelli.com/packages/singlecellexperiment/
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