TAPseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.TAPseq

TAP-seq靶向scRNA-seq引物设计

Bioconductor版本:Release (3.16)

设计TAP-seq使用的靶向单细胞RNA-seq引物。为目标基因面板创建序列模板，并使用Primer3设计基因特异性引物。利用BLAST可以估计潜在的脱靶。需要Primer3和BLASTn的工作安装。

作者:Andreas R. Gschwind [aut, cre]， Lars Velten [aut]， Lars M. Steinmetz [aut]

维护者:Andreas R. Gschwind < Andreas。网址是stanford。edu b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TAPseq")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“TAPseq”)

超文本标记语言	R脚本	选择TAP-seq的目标基因
超文本标记语言	R脚本	TAP-seq引物设计流程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR，PooledScreens，测序，SingleCell，软件，技术
版本	1.10.0
在Bioconductor中	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	方法,GenomicAlignments，GenomicRanges，IRanges，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.20.1),GenomeInfoDb，BSgenome，GenomicFeatures，Biostrings，dplyr，tidyr，BiocParallel
链接
建议	testthat，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，ggplot2，修拉，glmnet，cowplot，矩阵，rtracklayer，BiocStyle
SystemRequirements	Primer3 (>= 2.5.0)， BLAST+ (>=2.6.0)
增强了
URL	https://github.com/argschwind/TAPseq
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	TAPseq_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	TAPseq_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TAPseq_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	TAPseq_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/TAPseq
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/TAPseq
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TAPseq/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TAPseq/
软件包下载报告	下载数据