TBSignatureProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.TBSignatureProfiler

利用TB路径签名分析RNA-Seq数据

Bioconductor版本:发行版(3.16)

结核病进展、结核病和其他结核病状态的基因特征在以前已经得到验证和发表。这个包聚合了已知的签名，并提供了计算工具，以便在其他数据集上使用这些签名。TBSignatureProfiler可以轻松地使用这些签名分析RNA-Seq数据，并包括常用的签名分析工具，包括ASSIGN, GSVA和ssGSEA。一些基因特征的原始模型也可用。闪亮的应用程序除了提供详细的命令行可访问性外，还提供了一些功能。

作者:Aubrey R. Odom-Mabey [aut, cre, dtm]，大卫·詹金斯[aut, org]，王旭涛[aut]，赵悦[ctb]，克里斯蒂安·勒夫[ctb]， W.埃文·约翰逊[aut]

维护者:Aubrey R. Odom-Mabey

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TBSignatureProfiler")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“TBSignatureProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	TBSignatureProfiler简介
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	分配(> = 1.23.1),BiocGenerics，BiocParallel，ComplexHeatmap，DESeq2，DT，刨边机，gdata，ggplot2，GSVA，magrittr、方法、RColorBrewer，reshape2，rlang，ROCit，S4Vectors，singscore统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle，脱字符号，circlize，类，covr，dplyr，e1071，glmnet，HGNChelper，嫁祸于，knitr，lintr，质量，plyr，pROC，randomForest，rmarkdown，闪亮的，拼写，股东价值分析，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfilerhttps://compbiomed.github.io/TBSignatureProfiler-docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	TBSignatureProfiler_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	TBSignatureProfiler_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	TBSignatureProfiler_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	TBSignatureProfiler_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TBSignatureProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TBSignatureProfiler
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/TBSignatureProfiler/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TBSignatureProfiler/
软件包下载报告	下载数据