UCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.UCell

基于秩的单格数据签名富集分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

UCell是一个用于评估单细胞数据集中基因签名的包。UCell签名评分基于Mann-Whitney U统计量，对数据集的大小和异质性具有鲁棒性，其计算所需的计算时间和内存比其他可用方法更少，即使在计算能力有限的机器上，也可以在几分钟内处理大型数据集。UCell可以应用于任何单单元数据矩阵，并包含直接与singlecellexperexperiment和Seurat对象交互的函数。

作者:Massimo Andreatta [aut, cre]，圣地亚哥·卡莫纳[au]

维护者:Massimo Andreatta < Massimo。Andreatta在uni .ch>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("UCell")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“UCell”)

超文本标记语言	R脚本	1.用UCell进行基因签名评分
超文本标记语言	R脚本	2.使用UCell与singlecel实验
超文本标记语言	R脚本	3.使用UCell和Seurat
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，GeneExpression，GeneSetEnrichment，SingleCell，软件，转录组
版本	2.2.0
在Bioconductor公司	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	方法,data.table(> = 1.13.6),矩阵，BiocParallel，BiocNeighbors，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment
链接
建议	修拉，嘘，scRNAseq，reshape2，拼接而成，ggplot2，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/carmonalab/UCell
BugReports	https://github.com/carmonalab/UCell/issues
全靠我
进口我	逃避
建议我	SCpubr
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	UCell_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	UCell_2.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	UCell_2.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	UCell_2.2.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/UCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/UCell
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/UCell/
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