VariantTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

变量调用探索性分析工具

Bioconductor版本:Release (3.16)

使用过滤器探索、诊断和比较不同的调用。

作者:Michael Lawrence, Jeremiah Degenhardt, Robert Gentleman

维护者:Michael Lawrence

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VariantTools")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“VariantTools”)

PDF	R脚本	VariantTools简介
PDF		包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，测序，软件
版本	1.40.0
在Bioconductor中	BioC 2.11 (R-2.15)(10.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，S4Vectors(> = 0.17.33),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),VariantAnnotation(>= 1.11.16)，方法
进口	Rsamtools(> = 1.31.2),BiocGenerics，Biostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵，rtracklayer(> = 1.39.7),BiocParallel，GenomeInfoDb，BSgenome，Biobase
链接
建议	RUnit，LungCancerLines(> = 0.0.6),RBGL，图，gmapR(> = 1.21.3)
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我	HTSeqGenie，MMAPPR2
建议我	VariantToolsData
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	VariantTools_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	VariantTools_1.40.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	VariantTools_1.39.0.tgz
macOS二进制(arm64)	VariantTools_1.40.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/VariantTools
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/VariantTools/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VariantTools/
软件包下载报告	下载数据