airpart

DOI:10.18129 / B9.bioc.airpart

细胞类型特异性差异等位基因失衡

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Airpart利用单细胞等位基因计数，识别了显示跨细胞类型或状态的差异细胞类型特异性等位基因不平衡的基因集。它利用一种广义融合套索与等位基因计数的二项观察来划分细胞类型的等位基因不平衡。另外，还提供了一种划分单元类型的非参数方法。该软件包包括许多可视化和质量控制功能，用于检查单细胞等位基因不平衡数据集。

作者:Wancen Mu [aut, cre]，迈克尔·勒夫[aut, ctb]

维护者:Wancen Mu < Wancen at live.unc.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“airpart”)

超文本标记语言	R脚本	airpart的差异等位基因失衡
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文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，CellBiology，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，质量控制，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，转录，TranscriptomeVariant
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，S4Vectors，嘘统计数据,蓝精灵，apeglm(> = 1.13.3),emdbook，mclust，线索，dynamicTreeCut，matrixStats，dplyr，plyr，ggplot2，ComplexHeatmap，forestplot，RColorBrewer，rlang，lpSolve，网格，grDevices，图形，utils，pbapply
链接
建议	knitr，rmarkdown，roxygen2(> = 0),testthat(> = 3.0.0),gplots，tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Wancen/airpart
BugReports	https://github.com/Wancen/airpart/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	airpart_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	airpart_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	airpart_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	airpart_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airpart
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/airpart
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/airpart/
软件包下载报告	下载数据