biodb

DOI:10.18129 / B9.bioc.biodb

一个用于连接化学和生物数据库的库和开发框架

Bioconductor版本:发行版(3.15)

biodb包提供了对标准远程化学和生物数据库(ChEBI, KEGG, HMDB，…)的访问，以及内部本地数据库文件(CSV, SQLite)，易于条目检索，访问web服务，按质量和/或名称搜索化合物，并对LCMS和MSMS进行质谱匹配。它的体系结构作为一个开发框架，有助于为本地项目或在独立发布的包中开发新的数据库连接器。

作者:Pierrick Roger [aut, cre]，亚历克西斯Delabrière [ctb]

维护者:皮耶罗克罗杰<皮耶罗克。罗杰在cea.fr >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biodb")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“biodb”)

超文本标记语言	R脚本	创建用于访问数据库的新连接器类。
超文本标记语言	R脚本	为条目创建一个新字段。
超文本标记语言	R脚本	关于一般生物库的使用和原理的详细信息
超文本标记语言	R脚本	介绍bioodb包。
超文本标记语言	R脚本	操纵条目对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，KEGG，软件
版本	1.4.2
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	BiocFileCache，R6，RCurl，RSQLite，Rcpp，XML，嗯，jsonlite，lgr，生命周期、方法、openssl，plyr，进步，rappdirs统计数据,stringr、工具、withr，yaml
链接	Rcpp，testthat
建议	BiocStyle，roxygen2，devtools，testthat(> = 2.0.0),knitr，rmarkdown，covr，xml2，git2r
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pkrog/biodb
BugReports	https://github.com/pkrog/biodb/issues
取决于我
进口我	biodbChebi，biodbExpasy，biodbHmdb，biodbKegg，biodbLipidmaps，biodbMirbase，biodbNcbi，biodbNci，biodbUniprot
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	biodb_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	biodb_1.4.2.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	biodb_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biodb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ biodb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/biodb/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档