生物雕

DOI：10.18129 / b9.bioc.biomart.

与Biomart数据库的接口（即Ensembl）

Bioconductor版本：释放（3.13）

近年来，大量的生物数据已在公共数据存储库中获得。综合生物信息学数据分析，需要轻松访问这些有价值的数据资源和与数据分析的公司集成。BioMart提供了实现生物图特软件套件的越来越多的数据库集合的接口（ ）。该软件包使得能够以统一的方式检索大量数据，而无需了解底层的数据库模式或写入复杂的SQL查询。Biomart数据库的最突出的示例是由Ensembl维护，它为BioMart用户直接访问多样化的数据，并且可以从基因注释到数据库挖掘的各种强大的在线查询。

作者：Steffen Durinck [Aut]，Wolfgang Huber [Aut]，Sean Davis [CTB]，Francois Pepin [CTB]，Vince S Buffalo [CTB]，Mike Smith [CTB，CRE]

维护者：Mike Smith

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“biomart”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“BIOMART”）

HTML.	r script.	使用BioMart访问Ensembl注释
HTML.	r script.	使用除Ensembl以外的生物图
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	注解那软件
版本	2.48.0
在生物导体中以来	BIOC 1.6（R-2.1）或更早（> 16年）
执照	艺术-2.0
依靠	方法
进口	Utils，XML.那annotationdbi.那进步那stringr.那Httr.那消化那biocfilecache.那rappdirs.
链接到
建议	生物焦那kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那嘲弄
系统要求
加强
URL.
取决于我	注解那Brainsaber.那Chromplot.那彗星那Customprodb.那药物潜行酶那Genefu.那基因组唑.那雷尼卡那Netsam.那ppinfer.那Psicquic.那repviz.那寿司那VEGMC
进口我	ArrayExpresshts.那艺术品那aspediafi.那BadregionFinder.那BGEECALL.那Branchpointer.那海滩那Chippeakanno.那Chronos.那结论那cosmosr.那Ctrap.那daglogo.那Dexseq.那差异那多米诺骨牌效应那药物终端那easyrnaseq.那edaseq.那埃尔默那ewce.那exphuntersuite.那弗雷泽那gdcrnatools.那GeneAccord.那基因组法那Genvisr.那戈斯佩那GLMSParsenet.那goexpress.那古典那GPART.那GVIZ.那intercellar.那等待者那keggfrofile.那McSea.那冰雹那metaboIgnal.那METASEQR2.那甲烷分析那MGFR.那Mousefm.那诺斯那骨科那挥之不忘那pcaexplorer.那现象那PrecisionTrialDrawer.那ProMoC.那PRODEEMOM那psygenet2r.那粉末那r453plus1toolbox.那Ramwas.那补偿那RGSEPD.那RIPAT.那rnaity那RNASEQSAMPLESIZE.那SCPIPE.那seq2pathway.那SEQGSEA那Sitadela.那碎片那swath2stats.那tcgabiolinks.那tcgaworkflow.那tfea.chip.那Timirgen.那转录图表那特纳那毕验法那XCIR.那纱
建议我	annotationforge.那Bioassayr.那Bioccasestudies.那Bloodcancermultiomics2017那CcTutorial.那celda.那细胞那铬星座那ClusterJudge.那cnvgears.那ctggem.那忍无可忍那小伙子那Geneanswers.那H5VC那Leebamviews.那魔法杂色那马蒂尼鸡尾酒那萨姆尔那methreg.那雷尼卡那MIQC那幻影那mutationalpatterns.那netsmooth.那oligo.那Organismdbi.那钢琴那鸽子那后代那PUBSCORE.那R3CPET.那rcade.那重新平行那林葛普查组织那rnbeads.那rtrm.那撒尿那缩短那SIM那sinc那摘要博马克那Systempiper.那TrackViewer.那Wiggleplotr.那Zinbwave.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随2021年欧洲杯比分预测 在r会话中使用此包的说明。

源包	BioMart_2.48.0.tar.gz.
Windows二进制文件	BioMart_2.48.0.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	BioMart_2.48.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/biomart.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/生物
包短网址	https://biocumon.org/packages/biomart/
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