bugsigdbr

DOI:10.18129 / B9.bioc.bugsigdbr

从BugSigDB获取已发布的微生物签名的r端访问

Bioconductor版本:发行版(3.15)

bugsigdbr包实现了从R/Bioconductor内部对bugsigdb.org的方便访问。该包的目标是促进BugSigDB数据导入到R/Bioconductor，提供提取微生物签名的实用程序，并支持将提取的签名导出到标准文件格式(如GMT)的纯文本文件。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Jennifer Wokaty [aut]， Levi Waldron [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“bugsigdbr”)

超文本标记语言	R脚本	对BugSigDB的r端访问
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneSetEnrichment，宏基因组，微生物组，软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	BiocFileCache、方法、发呜呜声,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，ontologyIndex，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/bugsigdbr
BugReports	https://github.com/waldronlab/bugsigdbr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	bugsigdbr_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	bugsigdbr_1.2.2.zip
macOS二进制(x86_64)	bugsigdbr_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/bugsigdbr
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ bugsigdbr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/bugsigdbr/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档