ceRNAnetsim

DOI:10.18129 / B9.bioc.ceRNAnetsim

miRNA与竞争rna (ceRNA)相互作用调控模拟器

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包模拟了一个或多个miRNA/ mrna表达水平变化后ceRNA(竞争性内源性)表达水平的调节。该软件包采用的方法有可能将任何ceRNA (circRNA, lincRNA等)纳入miRNA:靶相互作用网络。该软件包基本上将miRNA表达分布在可用的ceRNA上，其中每个ceRNA吸引与其数量成比例的miRNA。但是，该包可以利用多个参数来修改miRNA对其目标的影响(种子类型、结合能、结合位置等)。函数将给定的数据集作为图形对象处理，并通过边缘和节点变量进行处理。

作者:Selcen Ari Yuka [aut, cre]，阿尔珀·伊尔马兹[au]

维护者:Selcen Ari Yuka

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ceRNAnetsim”)

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细节

biocViews	GraphAndNetwork，网络，NetworkInference，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (>= 3.0)
取决于	R (>= 4.0.0)，dplyr，tidygraph
进口	furrr，rlang，宠物猫，ggplot2，ggraph，igraph，purrr，tidyr，未来,统计数据
链接
建议	knitr，png，rmarkdown，testthat，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/selcenari/ceRNAnetsim
BugReports	https://github.com/selcenari/ceRNAnetsim/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ceRNAnetsim_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	ceRNAnetsim_1.10.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ceRNAnetsim_1.10.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ceRNAnetsim_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ceRNAnetsim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ceRNAnetsim
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ceRNAnetsim/
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