Bioconductor版本:发行版(3.16)
chip - enrichment和poly - enrichment使用来自ChIP-seq实验的峰进行基因集富集测试。该方法对基因长度、基因周围序列的可映射性等混杂因素进行了经验校正。
作者:Ryan P. Welch [aut, cph], Chee Lee [aut], Raymond G. Cavalcante [aut], Kai Wang [cre], Chris Lee [aut], Laura J. Scott [ths], Maureen A. Sartor [ths]
维护者:Raymond G. Cavalcante
引文(从R内,输入引用(“chipenrich”)
):
要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“chipenrich”)
超文本标记语言 | R脚本 | chipenrich_vignette |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ChIPSeq,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneSetEnrichment,HistoneModification,ImmunoOncology,回归,软件 |
版本 | 2.22.0 |
在Bioconductor | BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.4.0) |
进口 | AnnotationDbi,BiocGenerics,chipenrich.data,GenomeInfoDb,GenomicRanges, grDevices,网格,IRanges,晶格,latticeExtra,质量、方法、mgcv,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db平行,plyr,rms,rtracklayer,S4Vectors(>= 0.23.10),统计,stringr,跑龙套 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,devtools,knitr,rmarkdown,roxygen2,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。
源包 | chipenrich_2.22.0.tar.gz |
Windows二进制 | chipenrich_2.22.0.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | chipenrich_2.22.0.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | chipenrich_2.22.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chipenrich |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/chipenrich |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/chipenrich/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/chipenrich/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |
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