彗星

DOI:10.18129 / B9.bioc.coMET

coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化

Bioconductor版本:发行版(3.16)

EWAS的可视化结果在基因组区域。除了表型关联p值，coMET还生成共甲基化模式图，并提供一系列注释轨迹。它可以用于其他组的关联扫描，因为数据可以翻译到基因组水平和任何物种。

作者:Tiphaine C. Martin [aut,cre]， Thomas Hardiman [aut]， Idil Yet [aut]，蔡佩倩[aut]， Jordana T. Bell [aut]

维护者:Tiphaine Martin < Tiphaine。马丁在mssm。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“彗星”)

PDF	R脚本	coMET用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeq，DNAMethylation，DNASeq，DifferentialMethylation，ExomeSeq，FunctionalGenomics，遗传学，GenomeWideAssociation，MethylSeq，MethylationArray，微阵列，MotifAnnotation，RNASeq，RiboSeq，测序，软件，可视化
版本	1.30.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.1.0)， grid, utils，biomaRt，Gviz，心理
进口	哈希grDevices,gridExtra，rtracklayer，IRanges，S4Vectors，GenomicRanges统计数据,corrplot
链接
建议	BiocStyle，knitr，RUnit，BiocGenerics，showtext
SystemRequirements
增强了
URL	http://epigen.kcl.ac.uk/comet
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	coMET_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	coMET_1.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	coMET_1.30.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	coMET_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coMET
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coMET
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/coMET/
软件包下载报告	下载数据