cogeqc

DOI:10.18129 / B9.bioc.cogeqc

比较基因组学分析的系统质量检查

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Cogeqc旨在促进标准比较基因组学分析的系统质量检查，以帮助研究人员发现问题并为每个数据集选择最合适的参数。cogeqc可用于评估:i. BUSCOs基因组组装质量;2使用基于蛋白质域的方法进行正群推理;3使用同步性网络属性进行同步性检测。还有数据可视化功能，可以查看QC汇总统计。

作者:Fabrício阿尔梅达-席尔瓦[aut, cre]，伊夫·范·德·皮尔[au]

维护者:Fabrício Almeida-Silva < fabricicio_almeidasilva at hotmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“cogeqc”)

超文本标记语言	R脚本	评估基因组组装
超文本标记语言	R脚本	评估正群推断
超文本标记语言	R脚本	评估同音识别
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics，FunctionalGenomics，GenomeAssembly，网络，系统发生学，质量控制，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2.0)
进口	Utils，图形，统计，方法，reshape2，ggplot2，ggtree，拼接而成，igraph，Biostrings
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),sessioninfo，knitr，BiocStyle，rmarkdown，covr
SystemRequirements	Busco (>= 5.1.3)
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/cogeqc
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/cogeqc
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	cogeqc_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	cogeqc_1.2.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	cogeqc_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	cogeqc_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cogeqc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/cogeqc
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cogeqc/
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