conclus

DOI:10.18129 / B9.bioc.conclus

ScRNA-seq工作流结论-从共识集群到有意义的结论

Bioconductor版本:发行版(3.16)

CONCLUS是一种用于单细胞RNA-seq (sc-RNA-seq)数据集稳健聚类和阳性标记特征选择的工具。它利用了一种共识聚类方法，极大地简化了sc-RNA-seq数据分析。值得注意的是，CONCLUS不包括下一代测序后获得的测序文件的预处理步骤。结论被组织成以下步骤:生成多个t-SNE图，具有一系列参数，包括从PCA提取的不同基因选择。使用基于密度的应用程序空间聚类与噪声(DBSCAN)算法来识别每个生成的t-SNE图中的聚类。所有DBSCAN结果组合成一个单元相似度矩阵。单元相似矩阵用于定义“CONSENSUS”聚类，这些聚类解决方案是在先前定义的聚类解决方案中保守的。为每个聚类识别标记基因。

作者:Ilyess Rachedi [cre]， Nicolas Descostes [aut]， Polina Pavlovich [aut]， Christophe Lancrin [aut]

维护者:Ilyess Rachedi < Rachedi。Ilyess在gmail.com>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“conclus”)

PDF	R脚本	conclus
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，分类，聚类，测序，SingleCell，软件，技术
版本	1.5.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，dbscan，fpc，factoextra，Biobase，BiocFileCache平行,doParallel，foreach，SummarizedExperiment，biomaRt，AnnotationDbi、方法、dplyr，食物，嘘，pheatmap，ggplot2，gridExtra，SingleCellExperiment，统计，utils，尺度， grDevices，图形，Rtsne，GEOquery，clusterProfiler，stringr、工具、rlang
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，S4Vectors，matrixStats，dynamicTreeCut，testthat
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	conclus_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	conclus_1.5.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	conclus_1.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/conclus
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/conclus
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/conclus/
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