crisprBowtie

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprBowtie

基于bowtie的CRISPR gRNA间隔序列比对

Bioconductor版本:发行版(3.15)

提供了一个用户友好的界面，以映射上靶标和脱靶的CRISPR gRNA间隔序列使用领结。校准是快速的，可以使用常用的或定制的CRISPR核酸酶进行。该校准可以与任何参考或自定义基因组一起工作。DNA和rna靶向核酸酶都被支持。

作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre]

维护:Jean-Philippe Fortin

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("crisprBowtie")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“crisprBowtie”)

超文本标记语言	R脚本	介绍crisprBowtie
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，CRISPR，FunctionalGenomics，软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	方法
进口	BiocGenerics，Biostrings，BSgenome，crisprBase(> = 0.99.15),GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，Rbowtie，readr统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Jfortin1/crisprBowtie
BugReports	https://github.com/Jfortin1/crisprBowtie/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	crisprBowtie_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	crisprBowtie_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	crisprBowtie_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprBowtie
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ crisprBowtie
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crisprBowtie/
包下载报告	下载数据