crisprScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.crisprScore

CRISPR gRNAs的靶上和脱靶评分算法

Bioconductor版本:Release (3.15)

为CRISPR引导rna (gRNAs)提供了几种on-target和off-target评分方法的R包装。支持以下核酸酶:SpCas9, AsCas12a, enAsCas12a和RfxCas13d (CasRx)。目前可用的靶切效率评分方法有RuleSet1、Azimuth、DeepHF、DeepCpf1、enPAM+GB、CRISPRscan等。CFD和MIT评分方法均可用于脱靶特异性预测。该软件包还提供了lindel衍生的评分，以预测gRNA产生诱导Cas9核酸酶移码的indels的概率。注意，DeepHF、DeepCpf1和enPAM+GB在Windows机器上不可用。

作者:Jean-Philippe Fortin [aut, cre, cph]， Aaron Lun [aut]， Luke Hoberecht [ctb]， Pirunthan Perampalam [ctb]

维护人员:Jean-Philippe Fortin

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“crisprScore”)

超文本标记语言	R脚本	crisprScore
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR，FunctionalGenomics，FunctionalPrediction，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，crisprScoreData
进口	蛇怪(> = 1.3.5),BiocGenerics，Biostrings，IRanges、方法、randomForest，网状，stringr跑龙套,XVector
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Jfortin1/crisprScore/issues
BugReports	https://github.com/Jfortin1/crisprScore
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	crisprScore_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	crisprScore_1.0.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	crisprScore_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crisprScore
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crisprScore
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/crisprScore/
软件包下载报告	下载数据