dasper

DOI:10.18129 / B9.bioc.dasper

从rna测序数据中检测异常剪接事件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

dasper的目的是从RNA-seq数据中检测异常剪接事件。dasper将使用来自RNA-seq的连接和覆盖数据作为输入，以计算患者中每个剪接事件与一组用户定义控制的偏差。Dasper使用一种无监督的离群值检测算法对患者的每个剪接事件进行评分，用一个离群值评分代表剪接事件看起来异常的程度。

作者:David Zhang [aut, cre]，李奥纳多·科拉多-托雷斯[ctb]

维护者:David Zhang < David . Zhang。12在ucl.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“dasper”)

超文本标记语言	R脚本	dasper简介
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文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，报道，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)
进口	蛇怪，BiocFileCache，BiocParallel，data.table，dplyr，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，ggplot2，ggpubr，ggrepel、网格IRanges，magrittr，megadepth、方法、plyranges，readr，网状，rtracklayer，S4Vectors，stringr，SummarizedExperiment，tidyr
链接
建议	AnnotationFilter，BiocStyle，covr，ensembldb，GenomicState，knitr，生命周期，减价，重新计票，RefManageR，rmarkdown，sessioninfo，testthat，宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dzhang32/dasper
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/dasper
全靠我
进口我	奥得河
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	dasper_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	dasper_1.8.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dasper
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dasper
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/dasper/
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