decontam

DOI:10.18129 / B9.bioc.decontam

识别标志基因中的污染物和宏基因组测序数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

简单的统计识别污染标志基因序列特征或宏基因组数据。适用于任何类型的特性来源于环境测序数据(例如asv、辣子鸡、分类群的杂志,…)。需要DNA定量数据或测序负控制样本。

作者:本杰明·卡拉汉(aut (cre),妮可•玛丽•戴维斯(aut) Felix通用恩斯特(施)

维修工:本杰明·卡拉汉< benjamin.j。卡拉汉在gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decontam”)

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HTML	R脚本	介绍dada2
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细节

biocViews	分类,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4.1)、方法(> = 3.4.1)
进口	ggplot2(> =魅惑,reshape2(> = 1.4.1),统计数据
链接
建议	BiocStyleknitr rmarkdown,phyloseq
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/benjjneb/decontam
BugReports	https://github.com/benjjneb/decontam/issues
取决于我
进口我	米娅
建议我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	decontam_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	decontam_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	decontam_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	decontam_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decontam
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decontam
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/decontam/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/decontam/
包下载报告	下载数据