densvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.densvis

通过非线性降维Density-Preserving数据可视化

Bioconductor版本:版本(3.17)

实现了density-preserving修改t-SNE和UMAP被Narayan et al . (2020) 。非线性降维技术t-SNE UMAP使用户能够概括复杂的高维测序数据,如单细胞RNAseq使用低维表示。这些低维表示支持离散转录状态的可视化,以及连续轨迹(例如,在早期发展)。然而,这些方法关注当地社区的数据结构。在某些情况下,这导致误导性的数据可视化,细胞密度低维嵌入并不代表转录异质性的原始高维空间中的数据。den-SNE和densMAP旨在使更精确的目视判读的高维数据集产生低维嵌入,准确反映原高维空间的异质性,使同类和异类细胞状态的识别。这精度通过优化过程中包括一个术语认为当地原始高维空间点的密度。这可以帮助创建可视化,更代表原始高维空间的异质性。

作者:艾伦·奥卡拉汉(aut (cre) Ashwinn Narayan (aut) Hyunghoon曹(aut)

维修工:艾伦·奥卡拉汉<阿兰。在outlook.com ocallaghan >

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HTML	R脚本	介绍densvis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DimensionReduction,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.10.2
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	Rcpp,蛇怪为了,网状,irlba
链接	Rcpp
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle,Rtsne ggplot2 uwot testthat
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/densvis
BugReports	https://github.com/Alanocallaghan/densvis/issues
取决于我	OSCA.advanced
进口我	嘘
建议我
我的链接
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	densvis_1.10.2.tar.gz
Windows二进制	densvis_1.10.2.zip
macOS二进制(x86_64)	densvis_1.10.2.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/densvis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ densvis
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/densvis/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/densvis/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档