亚当

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADAM

这是发展亚当版本;稳定版请参见亚当．

ADAM:活性和多样性分析模块

Bioconductor版本:开发(3.16)

ADAM是一个GSEA R包，用于将来自不同物种的比较样本(对照与实验)的一组基因按照各自的功能(默认为基因本质论和KEGG途径)分组，并通过计算参考基因多样性和活性的p值来显示其重要性。每组基因被称为GFAG(功能相关基因组)。

作者:André Luiz Molan [aut]， Giordano Bruno Sanches Seco [ctb]， Agnes Takeda [ctb]， Jose Rybarczyk Filho [ctb, cre, ths]

维护者:Jose Luiz Rybarczyk Filho < Jose。路易斯在unesp.br>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ADAM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“亚当”)

超文本标记语言	R脚本	用亚当
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，KEGG，微阵列，通路，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5)，统计，utils，方法
进口	Rcpp(>= 0.12.18)， GO.db (>= 3.6.0)KEGGREST(> = 1.20.2),knitr，pbapply(> = 1.3 4),dplyr(> = 0.7.6),DT(> = 0.4),stringr(> = 1.3.1),SummarizedExperiment(> = 1.10.1)
链接	Rcpp
建议	testthat，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我	ADAMgui
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ADAM_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	ADAM_1.13.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ADAM_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADAM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ADAM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ADAM/
软件包下载报告	下载数据