ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

这是发展ALDEx2版本;稳定版请参见ALDEx2．

考虑样本变异的差异丰度分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

对两个或多个条件进行比较的差异丰度分析。用于分析来自标准RNA-seq或元RNA-seq分析的数据，以及从体外序列选择中选择的和未选择的值。使用狄利克雷多项式模型从计数推断丰度，优化为三个或更多的实验重复。该方法基于Wilcoxon秩和检验和Welch's t检验(通过aldex.ttest)、Kruskal-Wallis检验(通过aldex.kw)、广义线性模型(通过aldex.glm)或相关检验(通过aldex.corr)，推断生物和抽样变异来计算预期的错误发现率。所有试验报告p值和Benjamini-Hochberg校正p值。ALDEx2还计算成对或非成对研究设计的预期标准化效应大小。

作者:Greg Gloor, Andrew Fernandes, Jean Macklaim, Arianne Albert, Matt Links, Thomas Quinn，吴家荣，Ruth Grace Wong, Brandon Lieng

维护者:Greg Gloor

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ALDEx2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ALDEx2”)

超文本标记语言	R脚本	用于高通量测序数据的anova类差分表达工具
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，DNASeq，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.29.1
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	文件许可证
取决于	方法、统计数据zCompositions
进口	Rfast，BiocParallel，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment，乘
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc
BugReports	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/issues
全靠我	omicplotR
进口我	benchdamic，microbiomeMarker
建议我	propr
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ALDEx2_1.29.1.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.29.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ALDEx2_1.29.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ALDEx2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ALDEx2/
软件包下载报告	下载数据