amaretto

doi：10.18129/b9.bioc.amaretto

这是发展Amaretto的版本；对于稳定版本，请参阅amaretto。

使用综合多词分析和惩罚回归的监管网络推断和驱动器基因评估

生物导体版本：开发（3.16）

整合越来越多的可用多摩s癌数据仍然是提高我们对癌症理解的主要挑战之一。主要挑战之一是使用多摩管数据来识别新型的癌症驱动基因。我们已经开发了一种称为Amaretto的算法，该算法集成了拷贝数，DNA甲基化和基因表达数据，以通过分析癌症样品并将其连接到共表达基因的簇，以识别一组驱动基因，我们将其定义为模块。我们在Pancancer环境中应用Amaretto，以鉴定多个癌症部位的癌症驱动基因及其模块。Amaretto捕获了富含血管生成，细胞周期和EMT的模块，并准确预测生存和分子亚型的模块。这使Amaretto能够鉴定出指导规范癌症途径的新型癌症驱动基因。

作者：Jayendra Shinde，Celine Everaert，Shaimaa Bakr，Mohsen Nabian，Jishu Xu，Vincent Carey，Nathalie Pochet和Olivier Gevaert

维护者：gmail.com上的Olivier Gevaert

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ amaretto”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Amaretto”）

html	R脚本	1.简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	替代方案，，，，批处理效应，，，，贝叶斯，，，，聚类，，，，库务，，，，DataImport，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，差速器，，，，exonarray，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，基因烯，，，，甲基化array，，，，MicroRNAARRAY，，，，微阵列，，，，多重组合，，，，网络，，，，正常化，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，专有Platratforms，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，统计信息，，，，时间科，，，，转录，，，，两通道，，，，Mrnamicroarray
版本	1.13.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（3年）
执照	Apache许可证（== 2.0） +文件执照
要看	r（> = 3.6），算，，，，多帕尔，grdevices，dplyr， 方法，复杂的图像
进口	callr（> = 3.0.0.9001），矩阵，，，，RCPP，，，，Biocfilecache，，，，DT，，，，多亚sayExexperiment，，，，循环，，，，策展，，，，foreach，，，，Glmnet，，，，httr，，，，林玛，，，，矩阵，，，，readr，，，，RESHAPE2，，，，蒂布尔，，，，rmarkDown，图形，网格，并行，统计，尼特，，，，GGPLOT2，，，，栅格，UTILS
链接	RCPP
建议	测试，，，，大量的，，，，尼特
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	amaretto_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	amaretto_1.13.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	amaretto_1.13.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/amaretto
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/amaretto
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/amaretto/
软件包下载报告	下载统计