ATACCoGAPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACCoGAPS

这是发展ATACCoGAPS版本;要使用它，请安装【2021欧洲杯官方合作伙伴】 Bioconductor。

scATACseq数据分析工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

提供在单细胞ATAC测序数据和结果分析上运行CoGAPS算法(Fertig等，2010)的工具。可用于在基因、基序、tf或通路水平上执行分析。此外，还提供了迁移学习和单细胞RNA测序数据集成的工具。

作者:Rossin Erbe [aut, cre]

维护者:Rossin Erbe

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ATACCoGAPS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ATACCoGAPS”)

超文本标记语言	R脚本	ATACCoGAPS
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，聚类，DimensionReduction，表观遗传学，ResearchField，SingleCell，软件，转录
版本	0.99.13
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)，CoGAPS(> = 3.5.13)
进口	gtools，GenomicRanges，projectR，TFBSTools，GeneOverlap，msigdbr，tidyverse，gplots，motifmatchr，chromVAR，GenomicFeatures，IRanges，fgsea，rGREAT，JASPAR2016，Homo.sapiens，Mus.musculus，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，stringr，dplyr
链接
建议	knitr，冬青
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/FertigLab/ATACCoGAPS/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ATACCoGAPS_0.99.13.tar.gz
Windows二进制	ATACCoGAPS_0.99.13.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACCoGAPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ATACCoGAPS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ATACCoGAPS/
软件包下载报告	下载数据